### R code from vignette source 'simulationStudies.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: basic-options ################################################### options(width=70, str=strOptions(strict.width = "wrap", vec.len=2), continue = " ") require(ggplot2) theme <- theme_bw(base_size = 9) theme$legend.position = "top" theme_set(theme) ################################################### ### code chunk number 2: simulationStudies.Rnw:98-99 (eval = FALSE) ################################################### ## robustlmm::viewCopyOfSimulationStudy("sensitivityCurves.R") ################################################### ### code chunk number 3: simulationStudies.Rnw:112-113 (eval = FALSE) ################################################### ## remotes::install_github("kollerma/robustlmm", "full-results") ################################################### ### code chunk number 4: source-sensitivity-curves-code ################################################### source(system.file("simulationStudy/sensitivityCurves.R", package = "robustlmm")) ################################################### ### code chunk number 5: plot_scLegend ################################################### print(plot_shiftFirstObservation) plot_shiftFirstObservation <- plot_shiftFirstObservation + theme(legend.position = "none") plot_shiftFirstGroup <- plot_shiftFirstGroup + theme(legend.position = "none") plot_scaleFirstGroup <- plot_scaleFirstGroup + theme(legend.position = "none") ################################################### ### code chunk number 6: plot_shiftFirstObservation ################################################### print(plot_shiftFirstObservation) ################################################### ### code chunk number 7: plot_shiftFirstGroup ################################################### print(plot_shiftFirstGroup) ################################################### ### code chunk number 8: plot_scaleFirstGroup ################################################### print(plot_scaleFirstGroup) ################################################### ### code chunk number 9: source-consistency-and-efficiency-diagonal-code ################################################### source(system.file("simulationStudy/consistencyAndEfficiencyDiagonal.R", package = "robustlmm")) ################################################### ### code chunk number 10: plot_consistencyDiagonal ################################################### print(plot_consistencyDiagonal) ################################################### ### code chunk number 11: plot_efficiencyDiagonal ################################################### print(plot_efficiencyDiagonal) ################################################### ### code chunk number 12: source-consistency-and-efficiency-block-diagonal-code ################################################### source(system.file("simulationStudy/consistencyAndEfficiencyBlockDiagonal.R", package = "robustlmm")) ################################################### ### code chunk number 13: plot_consistencyBlockDiagonal ################################################### print(plot_consistencyBlockDiagonal) ################################################### ### code chunk number 14: plot_efficiencyBlockDiagonal ################################################### print(plot_efficiencyBlockDiagonal) ################################################### ### code chunk number 15: source-breakdown-code ################################################### source(system.file("simulationStudy/breakdown.R", package = "robustlmm")) ################################################### ### code chunk number 16: plot_breakdown ################################################### print(plot_breakdown) ################################################### ### code chunk number 17: source-convergence-code ################################################### source(system.file("simulationStudy/convergence.R", package = "robustlmm")) ################################################### ### code chunk number 18: plot_convergence_N_N_bias ################################################### print(plot_convergence_N_N_bias) ################################################### ### code chunk number 19: plot_convergence_N_N_scale ################################################### print(plot_convergence_N_N_scale) ################################################### ### code chunk number 20: plot_convergence_N_N_efficiency ################################################### print(plot_convergence_N_N_efficiency) ################################################### ### code chunk number 21: plot_convergence_t3_t3_bias ################################################### print(plot_convergence_t3_t3_bias) ################################################### ### code chunk number 22: plot_convergence_t3_t3_scale ################################################### print(plot_convergence_t3_t3_scale) ################################################### ### code chunk number 23: plot_convergence_t3_t3_efficiency ################################################### print(plot_convergence_t3_t3_efficiency) ################################################### ### code chunk number 24: source-robustness-diagonal-code ################################################### source(system.file("simulationStudy/robustnessDiagonal.R", package = "robustlmm")) ################################################### ### code chunk number 25: plot_robustnessDiagonal ################################################### print(plot_robustnessDiagonal) ################################################### ### code chunk number 26: plot_coverageDiagonal ################################################### print(plot_coverageDiagonal) ################################################### ### code chunk number 27: source-robustness-block-diagonal-code ################################################### source(system.file("simulationStudy/robustnessBlockDiagonal.R", package = "robustlmm")) ################################################### ### code chunk number 28: plot_robustnessBlockDiagonal ################################################### print(plot_robustnessBlockDiagonal) ################################################### ### code chunk number 29: plot_violinBlockDiagonal ################################################### print(plot_violinBlockDiagonal) ################################################### ### code chunk number 30: sessionInfo ################################################### sub("robustlmm~03.0", "robustlmm~3.0", sub("/Resources", "/|\n\\\\verb|Resources", attr(results, "sessionInfo")))