### R code from vignette source 'PRROC.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: PRROC.Rnw:33-35 ################################################### library(PRROC) set.seed(127) ################################################### ### code chunk number 2: PRROC.Rnw:47-49 ################################################### fg<-rnorm(300); bg<-rnorm(500,-2); ################################################### ### code chunk number 3: PRROC.Rnw:55-57 ################################################### roc<-roc.curve(scores.class0 = fg, scores.class1 = bg) pr<-pr.curve(scores.class0 = fg, scores.class1 = bg) ################################################### ### code chunk number 4: PRROC.Rnw:61-62 ################################################### roc ################################################### ### code chunk number 5: PRROC.Rnw:67-68 ################################################### pr ################################################### ### code chunk number 6: PRROC.Rnw:73-75 ################################################### roc<-roc.curve(scores.class0 = fg, scores.class1 = bg, curve = TRUE) pr<-pr.curve(scores.class0 = fg, scores.class1 = bg, curve = TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: PRROC.Rnw:79-81 ################################################### roc pr ################################################### ### code chunk number 8: roc ################################################### plot(roc) ################################################### ### code chunk number 9: PRROC.Rnw:92-93 ################################################### plot(roc) ################################################### ### code chunk number 10: pr ################################################### plot(pr) ################################################### ### code chunk number 11: PRROC.Rnw:104-105 ################################################### plot(pr) ################################################### ### code chunk number 12: PRROC.Rnw:115-117 ################################################### x<-c(fg,bg); lab<-c(rep(1,length(fg)),rep(0,length(bg))) ################################################### ### code chunk number 13: PRROC.Rnw:122-124 ################################################### roc<-roc.curve(scores.class0 = x, weights.class0 = lab); pr<-pr.curve(scores.class0 = x, weights.class0 = lab); ################################################### ### code chunk number 14: PRROC.Rnw:129-131 ################################################### roc pr ################################################### ### code chunk number 15: PRROC.Rnw:146-147 ################################################### wfg<- c(runif(300,min=0.5,max=1),runif(500,min=0,max=0.5)) ################################################### ### code chunk number 16: PRROC.Rnw:152-154 ################################################### hist(wfg[301:800],col=2,xlim=c(0,1),main="Weights",xlab="foreground weight"); hist(wfg[1:300],col=3,add=T); ################################################### ### code chunk number 17: PRROC.Rnw:161-163 ################################################### wroc<-roc.curve(scores.class0 = x, weights.class0 = wfg, curve = TRUE) wpr<-pr.curve(scores.class0 = x, weights.class0 = wfg, curve = TRUE) ################################################### ### code chunk number 18: PRROC.Rnw:169-173 ################################################### wroc<-roc.curve(scores.class0 = x, scores.class1 = x, weights.class0 = wfg, weights.class1 = 1-wfg, curve = TRUE) wpr<-pr.curve(scores.class0 = x, scores.class1 = x, weights.class0 = wfg,weights.class1 = 1-wfg, curve = TRUE) ################################################### ### code chunk number 19: wroc ################################################### plot(wroc) ################################################### ### code chunk number 20: PRROC.Rnw:182-183 ################################################### plot(wroc) ################################################### ### code chunk number 21: wpr ################################################### plot(wpr) ################################################### ### code chunk number 22: PRROC.Rnw:193-194 ################################################### plot(wpr) ################################################### ### code chunk number 23: PRROC.Rnw:203-207 ################################################### wpr<-pr.curve(scores.class0 = x, weights.class0 = wfg, curve = TRUE, max.compute = T, min.compute = T, rand.compute = T) wroc<-roc.curve(scores.class0 = x, weights.class0 = wfg, curve = TRUE, max.compute = T, min.compute = T, rand.compute = T) ################################################### ### code chunk number 24: PRROC.Rnw:212-214 ################################################### wpr wroc ################################################### ### code chunk number 25: wpr2 ################################################### plot(wpr,max.plot = TRUE, min.plot = TRUE, rand.plot = TRUE, fill.area = TRUE) ################################################### ### code chunk number 26: PRROC.Rnw:225-226 ################################################### plot(wpr,max.plot = TRUE, min.plot = TRUE, rand.plot = TRUE, fill.area = TRUE) ################################################### ### code chunk number 27: PRROC.Rnw:233-239 ################################################### y<-c(rnorm(300,sd=2),rnorm(500,-5,sd=2)) wpr2<-pr.curve(scores.class0 = y, weights.class0 = wfg, curve = TRUE, max.compute = TRUE, min.compute = TRUE, rand.compute = TRUE) wroc2<-roc.curve(scores.class0 = y, weights.class0 = wfg, curve = TRUE, max.compute = TRUE, min.compute = TRUE, rand.compute = TRUE) ################################################### ### code chunk number 28: PRROC.Rnw:244-246 ################################################### plot(wpr, max.plot = TRUE, min.plot = TRUE, rand.plot = TRUE, fill.area = T, color=2, auc.main = FALSE); ################################################### ### code chunk number 29: PRROC.Rnw:250-251 ################################################### plot(wpr2, add = TRUE, color = 3); ################################################### ### code chunk number 30: PRROC.Rnw:256-258 ################################################### plot(wpr, max.plot = TRUE, min.plot = TRUE, rand.plot = TRUE, fill.area = T, color=2, auc.main = FALSE); plot(wpr2, add = TRUE, color = 3); ################################################### ### code chunk number 31: plot1 ################################################### plot(wpr,scale.color = heat.colors(100)); ################################################### ### code chunk number 32: PRROC.Rnw:274-275 ################################################### plot(wpr,scale.color = heat.colors(100)); ################################################### ### code chunk number 33: plot2 ################################################### plot(wpr, auc.main = FALSE, main = "My classifier") ################################################### ### code chunk number 34: PRROC.Rnw:285-286 ################################################### plot(wpr, auc.main = FALSE, main = "My classifier") ################################################### ### code chunk number 35: plot6 ################################################### plot(wpr, legend = FALSE) ################################################### ### code chunk number 36: PRROC.Rnw:296-297 ################################################### plot(wpr, legend = FALSE) ################################################### ### code chunk number 37: plot3 ################################################### plot(wpr, color=3, lty="dotted"); ################################################### ### code chunk number 38: PRROC.Rnw:307-308 ################################################### plot(wpr, color=3, lty="dotted"); ################################################### ### code chunk number 39: plot4 ################################################### plot(wpr,legend=1); ################################################### ### code chunk number 40: PRROC.Rnw:318-319 ################################################### plot(wpr,legend=1); ################################################### ### code chunk number 41: plot5 ################################################### plot(wpr, rand.plot = TRUE, fill.area = TRUE, fill.color = rgb(0.8,1,0.8), maxminrand.col = "blue" ); ################################################### ### code chunk number 42: PRROC.Rnw:330-331 ################################################### plot(wpr, rand.plot = TRUE, fill.area = TRUE, fill.color = rgb(0.8,1,0.8), maxminrand.col = "blue" ); ################################################### ### code chunk number 43: PRROC.Rnw:340-341 ################################################### library(ggplot2) ################################################### ### code chunk number 44: plot8 ################################################### pl <- ggprroc( wpr, max.plot = TRUE, min.plot = TRUE, rand.plot = TRUE, fill.area=TRUE ) pl ################################################### ### code chunk number 45: PRROC.Rnw:352-353 ################################################### pl <- ggprroc( wpr, max.plot = TRUE, min.plot = TRUE, rand.plot = TRUE, fill.area=TRUE ) pl ################################################### ### code chunk number 46: plot9 ################################################### pl + scale_color_viridis_c(option="D",name="Some score") + xlab("Sensitivity")+ theme_gray() ################################################### ### code chunk number 47: PRROC.Rnw:367-368 ################################################### pl + scale_color_viridis_c(option="D",name="Some score") + xlab("Sensitivity")+ theme_gray() ################################################### ### code chunk number 48: PRROC.Rnw:375-376 ################################################### curve.points<-wpr$curve ################################################### ### code chunk number 49: PRROC.Rnw:380-381 ################################################### curve.points[1:5,] ################################################### ### code chunk number 50: plot6 ################################################### plot(curve.points[,1],curve.points[,2], xlab="Recall",ylab="Precision",t="l") ################################################### ### code chunk number 51: PRROC.Rnw:394-395 ################################################### plot(curve.points[,1],curve.points[,2], xlab="Recall",ylab="Precision",t="l") ################################################### ### code chunk number 52: PRROC.Rnw:401-402 ################################################### library(ggplot2) ################################################### ### code chunk number 53: plot7 ################################################### ( ggplot(data.frame(wpr$curve),aes(x=X1,y=X2,color=X3)) + geom_line() + labs(x="Recall",y="Precision", title=format(wpr$auc.integral,digits=3), colour="Threshold") + scale_colour_gradient2(low="red", mid="orange",high="yellow") ) ################################################### ### code chunk number 54: PRROC.Rnw:417-418 ################################################### ( ggplot(data.frame(wpr$curve),aes(x=X1,y=X2,color=X3)) + geom_line() + labs(x="Recall",y="Precision", title=format(wpr$auc.integral,digits=3), colour="Threshold") + scale_colour_gradient2(low="red", mid="orange",high="yellow") )