### R code from vignette source 'bim.Rnw'

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### code chunk number 1: bim.Rnw:28-31
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options(width=88)
options(SweaveHooks = list(fig = function() par(bg='white')))
#if (!file.exists("Figures")) dir.create("Figures")


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### code chunk number 2: simdata
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set.seed(564684)
nSamples <- 60
nGenes <- 3000
dataset <- matrix(rnorm(nSamples*nGenes), ncol=nSamples, nrow=nGenes)
dimnames(dataset) <- list(paste("G", 1:nGenes, sep=''),
                          paste("S", 1:nSamples, sep=''))


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### code chunk number 3: shift
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dataset[1:100, 1:30] <- dataset[1:100, 1:30] + 3


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### code chunk number 4: lib
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library(BimodalIndex)


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### code chunk number 5: bim
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bim <- bimodalIndex(dataset)
summary(bim)


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### code chunk number 6: bim.Rnw:74-76
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot(bim$BI, col=rep(c("red", "black"), times=c(100, 2900)),
     xlab="Gene", ylab="Bimodal Index")


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### code chunk number 7: extra
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summary(bim$BI[101:3000])
cutoffs <- quantile(bim$BI[101:3000], probs=c(0.90, 0.95, 0.99))
cutoffs


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### code chunk number 8: sensitivity
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sapply(cutoffs, function(x) sum(bim$BI[1:100] > x))


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### code chunk number 9: getwd
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getwd()


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### code chunk number 10: si
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sessionInfo()