Author: Paul Efren
Date: 2024-05-12

# Taxonomic Names Resolution Service (Spanish)

#### Paul Efren

#### 2024-05-12

## Taxonomic Name Resolution Service - TNRS

TNRS es una herramienta construida para la brindarnos ayuda en los procesos de estandarización y validación de forma automatizada de los nombres científicos de las plantas.

TNRS facilita la corrección de los errores ortográficos, permite la validación de los mismos con una lista estándar y la resolución de sinonimias con el nombre aceptado actualmente. TNRS puede procesar muchos nombres a la vez, lo que ahorra horas de corrección manual de nombres, la cual es tediosa y esta propensa a errores. Para los nombres que no se pueden resolver automáticamente, TNRS presenta una lista de posibilidades y proporciona herramientas para investigar y seleccionar el nombre adecuado.

## Usando TNRS

TNRS toma como entrada un vector con los nombres científicos o un data.frame que contiene dos columnas: número de fila (ID) y nombre científico (taxon).

    library(TNRS)

    # Primero, tomaremos un conjunto de datos como ejemplo, esta tiene
    # dos columnas: número de fila (ID) y nombre científico (taxon).

    fulldata <- tnrs_testfile

    head(fulldata, n = 20)

    ##    ID
    ## 1   1
    ## 2   2
    ## 3   3
    ## 4   4
    ## 5   5
    ## 6   6
    ## 7   7
    ## 8   8
    ## 9   9
    ## 10 10
    ## 11 11
    ## 12 12
    ## 13 13
    ## 14 14
    ## 15 15
    ## 16 16
    ## 17 17
    ## 18 18
    ## 19 19
    ## 20 20
    ##                                                                                      taxon
    ## 1                                                                       Arecaceae Mauritia
    ## 2                                                        Solanaceae Solanum bipatens Dunal
    ## 3                        HYPOPTERYGIACEAE Hypopterygium incrassatolimbatum Ma^sAAAll. Hal.
    ## 4                                                     Helotiaceae Diplothrix juniperifolia
    ## 5                                                      Arecaceae Leopoldinia pulchra Mart.
    ## 6                                                        Melastomataceae Leandra schenckii
    ## 7                                                                   Hydnocarpus macrocarpa
    ## 8                      Campyliaceae Warnstorfia trichophylla (Warnst. ) Tuom. & T. J. Kop.
    ## 9                                                                     Piper arboreum Aubl.
    ## 10                                         Poaceae Pseudochaetochloa australiensis Hitchc.
    ## 11 Juglandaceae Engelhardia spicata var. colebrookeana (Lindl. ex Wall. ) Koord. & Valeton
    ## 12                                                          Malvaceae Hibiscus 'Old Yella'
    ## 13                                                           Fabaceae Mimosa vepres Lindm.
    ## 14                                               Berberidaceae Epimedium xpurpureum Bailly
    ## 15                                                       Asteraceae Senecio beguei Humbert
    ## 16                                                                      Coelogyne fragrans
    ## 17                                           Cyperaceae Rhynchospora cephalotes (L. ) Vahl
    ## 18                                                Pteridophyte Nephrolepis mollis Rosenst.
    ## 19                                                      Piperaceae Piper crassipeduncullum
    ## 20                                 Asteraceae Hieracium billyanum var. parvulum B. de Retz

    # Tenga en cuenta que en el ejemplo los nombres científicos se
    # presentan bajo diferentes formatos, que a veces incluyen:
    # Solo nombre científico
    # Solo género
    # Familia y género
    # Familia, nombre científico y autor

    # La función a utilizar es `TNRS()`:

    results <- TNRS(taxonomic_names = fulldata)

    # Inspección de los resultados

    head(results, 10)

    ##    ID                                                      Name_submitted
    ## 1   1                                                  Arecaceae Mauritia
    ## 2   2                                   Solanaceae Solanum bipatens Dunal
    ## 3   3   HYPOPTERYGIACEAE Hypopterygium incrassatolimbatum Ma^sAAAll. Hal.
    ## 4   4                                Helotiaceae Diplothrix juniperifolia
    ## 5   5                                 Arecaceae Leopoldinia pulchra Mart.
    ## 6   6                                   Melastomataceae Leandra schenckii
    ## 7   7                                              Hydnocarpus macrocarpa
    ## 8   8 Campyliaceae Warnstorfia trichophylla (Warnst. ) Tuom. & T. J. Kop.
    ## 9   9                                                Piper arboreum Aubl.
    ## 10 10                     Poaceae Pseudochaetochloa australiensis Hitchc.
    ##    Overall_score Name_matched_id                     Name_matched Name_score
    ## 1      1.0000000         1408073                         Mauritia  1.0000000
    ## 2      1.0000000         1725998                 Solanum bipatens  1.0000000
    ## 3      0.9302800         1147521 Hypopterygium incrassatolimbatum  1.0000000
    ## 4      0.5995738           82217         Diplothrix juniperifolia  0.5995738
    ## 5      1.0000000          219935              Leopoldinia pulchra  1.0000000
    ## 6      1.0000000         1065588                Leandra schenckii  1.0000000
    ## 7      1.0000000          918035           Hydnocarpus macrocarpa  1.0000000
    ## 8      0.6796591         1131553         Warnstorfia trichophylla  0.5995738
    ## 9      1.0000000          473591                   Piper arboreum  1.0000000
    ## 10     1.0000000          886582  Pseudochaetochloa australiensis  1.0000000
    ##    Name_matched_rank              Author_submitted              Author_matched
    ## 1              genus
    ## 2            species                         Dunal                       Dunal
    ## 3            species               Ma^sAAAll. Hal.                  Müll. Hal.
    ## 4            species
    ## 5            species                         Mart.                       Mart.
    ## 6            species
    ## 7            species
    ## 8            species (Warnst. ) Tuom. & T. J. Kop. (Warnst.) Tuom. & T.J. Kop.
    ## 9            species                         Aubl.                       Aubl.
    ## 10           species                       Hitchc.                     Hitchc.
    ##    Author_score            Canonical_author Name_matched_accepted_family
    ## 1            NA                        L.f.                    Arecaceae
    ## 2        1.0000                       Dunal                   Solanaceae
    ## 3        0.6514                  Müll. Hal.             Hypopterygiaceae
    ## 4            NA                         DC.                   Asteraceae
    ## 5        1.0000                       Mart.                    Arecaceae
    ## 6            NA                       Cogn.              Melastomataceae
    ## 7            NA               (Bedd.) Warb.                  Achariaceae
    ## 8        1.0000 (Warnst.) Tuom. & T.J. Kop.              Calliergonaceae
    ## 9        1.0000                       Aubl.                   Piperaceae
    ## 10       1.0000                     Hitchc.                      Poaceae
    ##      Genus_submitted     Genus_matched Genus_score Specific_epithet_submitted
    ## 1           Mauritia          Mauritia           1
    ## 2            Solanum           Solanum           1                   bipatens
    ## 3      Hypopterygium     Hypopterygium           1         incrassatolimbatum
    ## 4         Diplothrix        Diplothrix           1              juniperifolia
    ## 5        Leopoldinia       Leopoldinia           1                    pulchra
    ## 6            Leandra           Leandra           1                  schenckii
    ## 7        Hydnocarpus       Hydnocarpus           1                 macrocarpa
    ## 8        Warnstorfia       Warnstorfia           1               trichophylla
    ## 9              Piper             Piper           1                   arboreum
    ## 10 Pseudochaetochloa Pseudochaetochloa           1              australiensis
    ##    Specific_epithet_matched Specific_epithet_score Family_submitted
    ## 1                                               NA        Arecaceae
    ## 2                  bipatens                      1       Solanaceae
    ## 3        incrassatolimbatum                      1 Hypopterygiaceae
    ## 4             juniperifolia                      1      Helotiaceae
    ## 5                   pulchra                      1        Arecaceae
    ## 6                 schenckii                      1  Melastomataceae
    ## 7                macrocarpa                      1
    ## 8              trichophylla                      1     Campyliaceae
    ## 9                  arboreum                      1
    ## 10            australiensis                      1          Poaceae
    ##      Family_matched Family_score Infraspecific_rank
    ## 1         Arecaceae            1
    ## 2        Solanaceae            1
    ## 3  Hypopterygiaceae            1
    ## 4                             NA
    ## 5         Arecaceae            1
    ## 6   Melastomataceae            1
    ## 7                             NA
    ## 8                             NA
    ## 9                             NA
    ## 10          Poaceae            1
    ##    Infraspecific_epithet_matched Infraspecific_epithet_score
    ## 1                                                         NA
    ## 2                                                         NA
    ## 3                                                         NA
    ## 4                                                         NA
    ## 5                                                         NA
    ## 6                                                         NA
    ## 7                                                         NA
    ## 8                                                         NA
    ## 9                                                         NA
    ## 10                                                        NA
    ##    Infraspecific_rank_2 Infraspecific_epithet_2_matched
    ## 1
    ## 2
    ## 3
    ## 4
    ## 5
    ## 6
    ## 7
    ## 8
    ## 9
    ## 10
    ##    Infraspecific_epithet_2_score Annotations Unmatched_terms
    ## 1                             NA
    ## 2                             NA
    ## 3                             NA
    ## 4                             NA                 Helotiaceae
    ## 5                             NA
    ## 6                             NA
    ## 7                             NA
    ## 8                             NA                Campyliaceae
    ## 9                             NA
    ## 10                            NA
    ##                                                       Name_matched_url
    ## 1   https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:31356-1
    ## 2  https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:818455-1
    ## 3                https://www.worldfloraonline.org/taxon/wfo-0001162747
    ## 4  https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:201833-1
    ## 5  https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:667794-1
    ## 6  https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:136759-2
    ## 7                https://www.worldfloraonline.org/taxon/wfo-0000926452
    ## 8                https://www.worldfloraonline.org/taxon/wfo-0001146720
    ## 9  https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:680435-1
    ## 10 https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:418837-1
    ##    Name_matched_lsid Phonetic Taxonomic_status              Accepted_name
    ## 1                           Y         Accepted                   Mauritia
    ## 2                           Y          Synonym        Solanum cordifolium
    ## 3                           Y          Synonym    Hypopterygium tamarisci
    ## 4                           Y          Synonym       Zinnia juniperifolia
    ## 5                           Y         Accepted        Leopoldinia pulchra
    ## 6                           Y          Synonym      Miconia alterninervia
    ## 7                           Y         Accepted     Hydnocarpus macrocarpa
    ## 8                           Y          Synonym Sarmentypnum trichophyllum
    ## 9                           Y         Accepted             Piper arboreum
    ## 10                          Y          Synonym        Cenchrus arnhemicus
    ##              Accepted_species      Accepted_name_author Accepted_name_id
    ## 1                                                  L.f.          1408073
    ## 2         Solanum cordifolium                     Dunal          1015964
    ## 3     Hypopterygium tamarisci (Sw.) Brid. ex Müll. Hal.          1147590
    ## 4        Zinnia juniperifolia                    A.Gray            90034
    ## 5         Leopoldinia pulchra                     Mart.           219935
    ## 6       Miconia alterninervia        (Cogn.) R.Goldenb.          1434412
    ## 7      Hydnocarpus macrocarpa             (Bedd.) Warb.           918035
    ## 8  Sarmentypnum trichophyllum         (Warnst.) Hedenäs          1198425
    ## 9              Piper arboreum                     Aubl.           473591
    ## 10        Cenchrus arnhemicus        (F.Muell.) Morrone           908972
    ##    Accepted_name_rank
    ## 1               genus
    ## 2             species
    ## 3             species
    ## 4             species
    ## 5             species
    ## 6             species
    ## 7             species
    ## 8             species
    ## 9             species
    ## 10            species
    ##                                                        Accepted_name_url
    ## 1     https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:31356-1
    ## 2    https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:818796-1
    ## 3                  https://www.worldfloraonline.org/taxon/wfo-0001162816
    ## 4    https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:261346-1
    ## 5    https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:667794-1
    ## 6  https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:77207378-1
    ## 7                  https://www.worldfloraonline.org/taxon/wfo-0000926452
    ## 8                  https://www.worldfloraonline.org/taxon/wfo-0001213924
    ## 9    https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:680435-1
    ## 10 https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:77105982-1
    ##    Accepted_name_lsid  Accepted_family Overall_score_order
    ## 1                            Arecaceae                   1
    ## 2                           Solanaceae                   1
    ## 3                     Hypopterygiaceae                   1
    ## 4                           Asteraceae                   1
    ## 5                            Arecaceae                   1
    ## 6                      Melastomataceae                   1
    ## 7                          Achariaceae                   1
    ## 8                      Calliergonaceae                   1
    ## 9                           Piperaceae                   1
    ## 10                             Poaceae                   1
    ##    Highertaxa_score_order Source Warnings  WarningsEng
    ## 1                       1   wcvp        0
    ## 2                       1   wcvp        0
    ## 3                       1    wfo        0
    ## 4                       2   wcvp        4 [HigherTaxa]
    ## 5                       1   wcvp        0
    ## 6                       1   wcvp        0
    ## 7                       1    wfo        0
    ## 8                       2    wfo        4 [HigherTaxa]
    ## 9                       1   wcvp        0
    ## 10                      1   wcvp        0

    # El resultado es un data.frame que incluye la información referente
    # a cada uno de los nombres ingresados, la valoración de la coincidencia
    # (similitud del nombre ingresado y el nombre coincidente), el nombre
    # coincidente, el estado del nombre coincidente y el nombre aceptado.

## TNRS metadata

El resultado es un data.frame que incluye la información referente a cada uno de los nombres ingresados, la valoración de la coincidencia (similitud del nombre ingresado y el nombre coincidente), el nombre coincidente, el estado del nombre coincidente y el nombre aceptado. Cuando utilice `TNRS`, le pedimos que cite tanto a `TNRS` como las fuentes de datos que se emplean en TNRS. TNRS no podría funcionar sin el soporte de estas fuentes de datos, y es importante reconocer el trabajo de estos colaboradores citando su trabajo. Los usuarios también pueden tener acceso a la versión de `TNRS` que emplean en sus análisis para propósitos de reproducibilidad. La función `TNRS_metadata` brindan acceso a las citas y la información de versiones en un formato de fácil uso. Esta función devuelve:

1. Información de las citas bibliográficas en formato Bibtex. Esta información exportarse en un archivo, especificado un elemento de tipo carácter (nombre del archivo) en el argumento “bibtex_file” para añadir esta información a un software de gestión de referencias.

2. Información sobre las fuentes de datos utilizadas por `TNRS`

3. Información de la versión de desarrollo de `TNRS`

    metadata <- TNRS_metadata()

    # Si desea conocer la información de la versión TNRS que utilizas (por
    # ejemplo, para añadir la referencia en una publicación):

    metadata$version

    ##   app_version db_version build_date code_version api_version
    ## 1         5.3        4.4 2024-01-17          5.1         5.2

    # Para conocer cuales son las fuentes que se utilizan en TNRS:

    metadata$sources

    ##   sourceID sourceName                           sourceNameFull
    ## 1        1        wfo                       World Flora Online
    ## 2        2       wcvp       World Checklist of Vascular Plants
    ## 3        3       cact Cactaceae checklist (caryophyllales.org)
    ##                                        sourceUrl geographic_scope
    ## 1               http://www.worldfloraonline.org/           global
    ## 2                  https://wcvp.science.kew.org/           global
    ## 3 https://caryophyllales.org/cactaceae/Checklist           global
    ##   taxonomic_scope   scope
    ## 1     Embryophyta  global
    ## 2    Tracheophyta  global
    ## 3       Cactaceae limited
    ##                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            description
    ## 1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 The World Flora Online will be an open-access, Web-based compendium of the worlds plant species. It will be a collaborative, international project, building upon existing knowledge and published floras, checklists and revisions but will also require the collection and generation of new information on poorly know plant groups and plants in unexplored regions. WFO replaces The Plant List
    ## 2  The World Checklist of Vascular Plants is based on Kew names and taxonomic backbone which has been created by reconciling the names from the International Plant Names Index (IPNI) with the taxonomy from the World Checklist of Selected Plant Families (WCSP). This Beta version therefore only displays names that are in both IPNI and WCVP. It contains both families that have been completed and peer reviewed by both external and internal experts on the relevant families as well as families that are in the process of being edited and reviewed. Some of the original data which WCSP built upon came from our generous collaborators listed in the acknowledgements. WCVP aims to represent a global consensus view of current plant taxonomy by reflecting the latest published taxonomies while incorporating the opinions of taxonomists based around the world.
    ## 3                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  Cactaceae at Caryophyllales.org – a dynamic online species-level taxonomic backbone for the family.
    ##                                                                       dataUrl
    ## 1 https://files.worldfloraonline.org/files/WFO_Backbone/_WFOCompleteBackbone/
    ## 2                     http://sftp.kew.org/pub/data-repositories/WCVP/wcvp.zip
    ## 3                                                                [by request]
    ##                                                                   logo_path
    ## 1 https://bien.nceas.ucsb.edu/bien/wp-content/uploads/2021/07/wfo_logo.jpeg
    ## 2  https://bien.nceas.ucsb.edu/bien/wp-content/uploads/2021/07/kew_logo.png
    ## 3 https://bien.nceas.ucsb.edu/bien/wp-content/uploads/2024/02/cact_logo.png
    ##   isDefault   version sourceReleaseDate tnrsDateAccessed
    ## 1         1 v.2023.06        2023-06-01       2024-01-10
    ## 2         0        12        2023-09-28       2024-01-08
    ## 3         0      <NA>              <NA>       2023-11-02

    # Para obtener la información de las referencias bibliográficas y
    # añadirla  a un gestor de referencias (por ejemplo, Paperpile,
    # Zotero):

    # writeLines(text = metadata$citations$citation)