Author: Rodolfo Tasso Suazo
Date: 2026-04-18

# Introduction to ciecl: Chilean ICD-10 in R

#### Rodolfo Tasso Suazo

#### 2026-04-18

> Version 0.9.3: Available on CRAN with SQLite optimizations and XLSX support.

## About the dataset

The package includes 39,877 ICD-10 codes from the official MINSAL/DEIS v2018 catalog, including categories (3 digits) and subcategories (4+ digits).

## Installation

    # From GitHub (beta version)
    pak::pak("RodoTasso/ciecl")

    # Alternative with devtools
    devtools::install_github("RodoTasso/ciecl")

## Fast SQL search

    # All type 2 diabetes codes
    cie10_sql("SELECT codigo, descripcion FROM cie10 WHERE codigo LIKE 'E11%' LIMIT 5")
    #> # A tibble: 5 × 2
    #>   codigo descripcion
    #>   <chr>  <chr>
    #> 1 E11    Diabetes mellitus no insulinodependiente
    #> 2 E11.0  Diabetes mellitus tipo 2 con coma
    #> 3 E11.1  Diabetes mellitus tipo 2 con cetoacidosis
    #> 4 E11.2  Diabetes mellitus tipo 2 con complicaciones renales
    #> 5 E11.3  Diabetes mellitus tipo 2 con complicaciones oftálmicas

## Search by code

    # Single code search
    cie_lookup("E11.0")
    #> # A tibble: 1 × 10
    #>   codigo descripcion       categoria seccion capitulo_nombre inclusion exclusion
    #>   <chr>  <chr>             <chr>     <chr>   <chr>           <chr>     <chr>
    #> 1 E11.0  Diabetes mellitu… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>
    #> # ℹ 3 more variables: capitulo <chr>, es_daga <int>, es_cruz <int>

    # Vectorized search - multiple codes at once
    codes <- c("E11.0", "I10", "Z00", "J44.0")
    cie_lookup(codes)
    #> # A tibble: 4 × 10
    #>   codigo descripcion       categoria seccion capitulo_nombre inclusion exclusion
    #>   <chr>  <chr>             <chr>     <chr>   <chr>           <chr>     <chr>
    #> 1 E11.0  Diabetes mellitu… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>
    #> 2 I10    Hipertensión ese… I10 HIPE… I10-I1… Cap.09  ENFERM… <NA>      <NA>
    #> 3 J44.0  Enfermedad pulmo… J44 OTRA… J40-J4… Cap.10  ENFERM… <NA>      <NA>
    #> 4 Z00    Examen general e… Z00 EXAM… Z00-Z1… Cap.21  FACTOR… <NA>      <NA>
    #> # ℹ 3 more variables: capitulo <chr>, es_daga <int>, es_cruz <int>

    # Hierarchical expansion
    cie_lookup("E11", expandir = TRUE)
    #> # A tibble: 11 × 10
    #>    codigo descripcion      categoria seccion capitulo_nombre inclusion exclusion
    #>    <chr>  <chr>            <chr>     <chr>   <chr>           <chr>     <chr>
    #>  1 E11    Diabetes mellit… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>
    #>  2 E11.0  Diabetes mellit… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>
    #>  3 E11.1  Diabetes mellit… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>
    #>  4 E11.2  Diabetes mellit… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>
    #>  5 E11.3  Diabetes mellit… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>
    #>  6 E11.4  Diabetes mellit… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>
    #>  7 E11.5  Diabetes mellit… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>
    #>  8 E11.6  Diabetes mellit… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>
    #>  9 E11.7  Diabetes mellit… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>
    #> 10 E11.8  Diabetes mellit… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>
    #> 11 E11.9  Diabetes mellit… E11 DIAB… E08-E1… Cap.04  ENFERM… <NA>      <NA>
    #> # ℹ 3 more variables: capitulo <chr>, es_daga <int>, es_cruz <int>

## Fuzzy search with typos

    # Finds even if misspelled
    cie_search("diabetis with coma", threshold = 0.75)
    #> # A tibble: 22 × 4
    #>    codigo descripcion                                            score categoria
    #>    <chr>  <chr>                                                  <dbl> <chr>
    #>  1 B15.0  Hepatitis aguda tipo A, con coma hepático              0.333 B15 HEPA…
    #>  2 B15.9  Hepatitis aguda tipo A, sin coma hepático              0.333 B15 HEPA…
    #>  3 B16.0  Hepatitis aguda tipo B, con agente delta (coinfección… 0.333 B16 HEPA…
    #>  4 B16.1  Hepatitis aguda tipo B, con agente delta (coinfección… 0.333 B16 HEPA…
    #>  5 B16.2  Hepatitis aguda tipo B, sin agente delta, con coma he… 0.333 B16 HEPA…
    #>  6 B16.9  Hepatitis aguda tipo B, sin agente delta y sin coma h… 0.333 B16 HEPA…
    #>  7 B19.0  Hepatitis viral no especificada, con coma hepático     0.333 B19 HEPA…
    #>  8 B19.9  Hepatitis viral no especificada, sin  coma hepático    0.333 B19 HEPA…
    #>  9 E03.5  Coma mixedematoso                                      0.333 E03 OTRO…
    #> 10 E10.0  Diabetes mellitus tipo 1 con coma                      0.333 E10 DIAB…
    #> # ℹ 12 more rows

## Charlson Comorbidities

    # Requires: install.packages("comorbidity")
    patient_df <- data.frame(
      patient_id = c(1, 1, 2, 2, 3),
      diagnosis = c("E11.0", "I50.9", "C50.9", "N18.5", "J44.0")
    )

    cie_comorbid(patient_df, id = "patient_id", code = "diagnosis", map = "charlson")

## Interactive tables

    # Requires: install.packages("gt")
    cie_table("E11")  # Full GT visualization

## Data source

Official ICD-10 Chile data MINSAL/DEIS v2018:

- FIC Chile Center: https://deis.minsal.cl/centrofic/
- DEIS Repository: https://deis.minsal.cl

## More information

- Report issues: https://github.com/RodoTasso/ciecl/issues
- Repository: https://github.com/RodoTasso/ciecl