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## NEWS to package MKmisc
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## Version 2.0
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- replaced topTableF by topTable in function mod.oneway.test
- increased R version requirement from >= 3.5.0 to >= 4.0.0


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## Version 1.9
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- removed escaped LaTeX specials: \&
- changed package URL to GitHub repository


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## Version 1.8
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- adapted links (http -> https) as requested by CRAN during submission.


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## Version 1.7
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- Changed return value of imputeSD
- Removed bug in power.welch.t.test reported by Nicholas Lewin-Koh, when
  delta should be computed for given n, power, etc.


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## Version 1.6
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- Removed bug in mi.t.test in case a subset is specified as reported by 
  Pablo Emilio Verde
- Added function meanAD to compute the mean absolute deviation.
- Added function imputeSD to impute standard deviations for changes from
  baseline following the Cochrane handbook, Section 16.1.3.2.
- Modified function optCutoff. Should give better results now.
- Minor change in function perfMeasures to avoid unnecessary error message.


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## Version 1.5
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- Corrected minor bug in power.welch.t.test
- Change of function perfMeasures, now includes only statistics requiring
  dichotomization/discretization
- Added function perfScores including scores for binary classification
  (no dichotomization needed)
- Added functions to compute CV and two robust variants.
- Added functions to compute SNR and two robust variants.
- Added function to compute various confidence interval for CV.

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## Version 1.4
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- Changed encoding of vignette from latin1 to utf8, as requested by B. Ripley
- Added some more performance measures: no information rate, weighted accuracy,
  postive likelihood ratio, negative likelihood ratio, weighted predictive value,
  balanced predictive value, detection rate, weighted Brier score

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## Version 1.3
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- added function normDiffCI to compute confidence intervals for the difference
  of two means.
- extended the print function for confidence intervals. Now, optional additional
  information is also printed.
- added function hsu.t.test to compute the Hsu two-sample t-test.
- added function power.hsu.t.test to compute power of the Hsu two-sample
  t-test, or determine parameters to obtain a target power.
- added function mod.t.test to compute moderated t-test based on package limma
- added function mod.oneway.test to compute moderated 1-way ANOVA based on
  package limma
- added function pairwise.mod.t.test to compute pairwise moderated t-tests.

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## Version 1.2
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- added as.numeric in the computation of AUC to avoid integer overflow as
  reported by Mike Harwood
- added function power.welch.t.test to compute power of the Welch two-sample
  t-test, or determine parameters to obtain a target power.

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## Version 1.1
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- added new function glog, glog10, glog2, inv.glog, inv.glog10, inv.glog2 to
  compute the generalized logarithm and its inverse
- added new function melt.long to transform a data.frame form wide to long
  form
- added new functions to scale axes in ggplot2 plots by glog and neglog
- extended function perfMeasures by argument cutoff, predictions are no longer
  restricted to [0,1]
- added new function optCutoff to compute optimal cutoff for various performance
  measures for binary classification

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## Version 1.0
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- added a vignette

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## Version 0.999
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- added new function perfMeasures to compute various performance measures
  for binary classification
- added new function thyroid for plotting TSH, fT3, fT4
- removed upper bound n = 100 in modified wilson confidence interval
  (thanks to Andri Signorell for detecting this inconsistency)

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## Version 0.998
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- extended function normCI - now mean or sd can be known
- added print function for confidence intervals

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## Version 0.997
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- added function risks to compute RR, OR, etc.
- added function rrCI to compute an approximate confidence interval for the
  relative risk (RR).

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## Version 0.996
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- extended function or2rr
- added function normCI for computing confidence intervals for mean and sd
  of a normal distribution

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## Version 0.995
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- added function sIQR for computing standardized IQR

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## Version 0.994
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- added function power.nb.test for computing sample size or power for comparing
  two negative binomial rates

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## Version 0.993
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- added function madCI for computing confidence intervals for MAD

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## Version 0.992
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- corrected bug in quantileCI reported by Rogier Donders (estimate always
  median independent of specified prob)

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## Version 0.991
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- added function simCorVars to simulate a pair of variables with a prespecified
  correlation

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## Version 0.99
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- added function to compute t-test based on multiple imputed datasets
- moved packages stats and graphics from Depends to Imports and added respective
  imports directives to NAMESPACE file
- added grDevices to Imports
- use of importFrom in NAMESPACE file except for package stats
- added Amelia to Suggests


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## Version 0.98
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- added function predValues to compute PPV and NPV
- added function ssize.pcc to calculate sample sizes for developing classifiers
  using high-dimensional data
- provide a more detailed description of the package in the DESCRIPTION file


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## Version 0.97
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- corrected copy and paste error in documentation of quantileCI.
- added function or2rr to transform OR to RR.
- CITATION file now uses bibentry
- added argument minLength to quantileCI and medianCI


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## Version 0.96
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- corrected a bug identified by Steven Kern in the modified Jeffreys interval
  for binomial proportions.


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## Version 0.95
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- added functions quantileCI and medianCI to compute confidence intervals
  for quantiles
- moved RColorBrewer and robustbase from Depends to Imports
- corrected some minor bugs in traceBack and corDist


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## Version 0.94
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- added function stringSim to compute optimal global and local alignment scores
  (Needleman-Wunsch and Smith-Waterman algorithm with constant gap penalties)
- added function traceBack to compute an optimal alignment based on the
  trace back matrix included in objects of class stringDist or stringSim
- corrected bug in function stringDist: wrong initialisation for Levenshtein
  distance


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## Version 0.93
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- added function power.diagnostic.test to compute power resp. sample size
  for a diagnostic test by approach of Flahault et al. (2005) incorporating
  the correction of Chu and Cole (2007)


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## Version 0.92
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- added an additional Parameter to function AUC, which can be used to suppress
  switching of the AUC values from x to 1-x if x < 0.5
  (a request by Yuta Tanoue)


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## Version 0.91
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- added function stringDist to compute Hamming and Levenshtein distance of two
  strings (sequences)


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## Version 0.9
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- extended simPlot and corPlot by argument "lab.both.axes" which also to add
  labels on both axes (a request by Sunghee OH).
- example to HLgof.test was wrong as pointed out by Dan O'Shea. This was
  corrected and the function slightly modified (intercept is no longer added
  inside of HLgof.test for the le Cessie-van Houwelingen-Copas-Hosmer
  unweighted sum of squares test for global goodness of fit)


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## Version 0.8
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- added function simPlot for plotting similarity matrices (a slight
  modification of function corPlot)


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## Version 0.7
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- added NEWS file
- modified function oneWayAnova: instead of lm and anova now oneway.test is
  used allowing for unequal variances
- added functions AUC, pairwise.auc and AUC.test as well as pairwise.fun and
  HLgof.test
- added NAMESPACE file

